O Dr Carlos Alberto Pires Pereira, formou-se em Medicina na Escola Paulista de Medicina-UNIFESP em 1983, e concluiu Residência Médica em Doenças Infecciosas e Parasitárias no Hospital São Paulo - Escola Paulista de Medicina /UNIFESP em 1986. Defendeu seu mestrado na Universidade Federal de São Paulo – Escola Paulista de Medicina em 1991.

Seu doutorado foi concluído também na Universidade Federal de São Paulo – Escola Paulista de Medicina, São Paulo, Brasil, em 1997, e seu pós-doutorado na Universita Degli Studi Di Perugia, Perugia, Italia, em 1997.

Na UNIFESP, ele é responsável pelo Serviço de Racionalização do Uso de Antimicrobianos e vigilância de hemoculturas, serviço que oferece assistência, ensino e pesquisa na área de controle de antimicrobianos e epidemiologia das infecções da Corrente sanguínea.
Tem como principais linhas de pesquisa no Programa de Pós-graduação: Controle de antimicrobianos e infecções da corrente sanguínea.

As publicações mais representativas de suas linhas de pesquisa são:

1. PEREIRA, Carlos Alberto Pires, CORRÊA, L., PIGNATARI, A.C.C., WEY, S.B. Análise do programa de controle de uso de antimicrobiano no Hospital São Paulo – Escola Paulista de Medicina. Revista da Associação Médica Brasileira, v.41, p.379-385, 1995.
   
   
2. FREITAS, M.R., PEREIRA, C.A.P., CORRÊA, L., CASTELO, A. FILHO, LOPES G.J.F., WEY, S.B. Profilaxia antimicrobiana em cirurgia do aparelho digestivo. Uma proposta de adequação. Revista do Colégio Brasileiro de Cirurgiões, v.25, p.185-192,1998.
   
   
3. PEREIRA, C.A.P., CORRÊA, L., CASTELO, A., WEY, S.B., OLIVEIRA, M.A., PIGNATARI, A.C. Clinical impact of automated methods and evauation by infectologists in blood stream infection. Infection Control and Hospital Epidemiology, v.2, p. 97.2000.
   
   
4. JUKEMURA, E.M., CAPPELLANO, P., UJIVARI, S., SALOMÃO, R., CORRÊA, L., OVILERIA, M.A., PEREIRA, C.A.P. Secular Tendencies in Bloodstream infections. Infection Control and Hospital Epidemiology, v.2, p.95. 2000.